福州海關，是直屬國家海關總署管理的廳局級海關，關區范圍包括福建省內福州、莆田、三明、南平、寧德5市及其所轄的40個縣（市、區），總面積6.5萬平方公里；關區海岸線總長1800余公里。關區內主要口岸有福州國際機場空港、福州馬尾港、福清江陰港、莆田秀嶼港、寧德三都澳港和武夷山機場空港等。
目前，共設有17個內設機構（其中緝私局為副廳級）、3個派駐機構、8個隸屬海關及2個事業單位；此外，在平潭東澳、霞浦三沙、莆田秀嶼、連江琯頭設有科級海關辦事處，主要負責對臺小額貿易監管工作。截至2006年底，全關共有關員、警員1175 人。現任關黨組書記、關長為李國。
福州作為老通商口岸，早在宋代就設置了管理對外貿易事務的“市舶司”。清康熙二十四年（1685年）設立江、浙、閩、粵四海關，福州是最早設立海關的口岸之一。1861年，英政府根據《南京條約》強迫清政府設立閩海關新關，現在福州倉山、寧德三都島上還有西式辦公樓舊址。1949年8月福州解放，福州軍事管制委員會接管了閩海關。1950年2月閩海關改名福州海關，并沿襲至今。
