國家審計署對新型農村合作醫療的首次審計發現有2700多萬基金被挪用。
2010年是新農合制度確立在全國基本覆蓋農村居民的目標年，審計署對遼寧、黑龍江、江蘇、安徽、福建、河南、湖北、湖南、四川等9個省所轄的45個縣（市、區）2009年1月至2010年5月新農合基金進行了審計調查。
新農合基金被挪作養老金
審計調查未發現大的違紀違規問題，但少數縣和基層衛生院在具體執行政策、基金管理使用中還存在一些問題。審計發現，全椒縣、大洼縣、西豐縣、鳳城市、岳池縣共5個縣的政府有關部門挪用新農合基金2738.18萬，用于發放企業職工基本養老保險金等。舒城縣、霞浦縣、龍海市、建陽市、福鼎市、汨羅市共6個縣的新農合經辦機構虛報參合人數4925人套取財政補助資金37.30萬。
截至2011年1月10日，全椒縣、大洼縣、西豐縣、鳳城市、岳池縣共5個縣歸還新農合基金2680.1萬元；湖南省汨羅市對虛報參合人數套取財政補助資金的1名衛生院院長給予警告處分，其他正在整改中。
部分地區擅自提高補償
此外，審計還發現了擅自提高擴大補償范圍和提高補償標準的問題，彰武縣、固始縣、肥東縣、廬江縣、巢湖市居巢區、興化市、閩侯縣、霞浦縣、龍海市、福鼎市、汨羅市、龍山縣、武漢市東西湖區、岳池縣共14個縣的新農合經辦機構審核把關不嚴，擅自擴大補償范圍和提高補償標準，向8118人多支付新農合補償資金487.80萬元。截至2011年1月10日，閩侯縣、霞浦縣、龍海市、福鼎市、肥東縣、廬江縣、巢湖市居巢區、武漢市東西湖區共8個縣已收回違規向114人發放的新農合資金15.9萬元，其他正在整改中。
鄉鎮衛生院為患者辦虛假住院手續并報銷以獲取住院費用情況較多，審計署調查的97個鄉鎮衛生院中，有47個存在問題，有4個鄉鎮衛生院利用假病歷等獲取新農合補償56.78萬。
