衛生部、民政部、財政部日前聯合下發通知，要求各地在提高新農合保障水平的同時，通過支付方式改革控制醫藥費用不合理增長。
通知指出，在門診費用控制方面，各地要在開展門診統籌的同時推行門診總額付費制度。原則上門診統籌基金支付范圍僅限于鄉、村兩級醫療衛生機構。
在住院費用控制方面，要積極推進按病種付費方式，擴大開展按病種付費試點縣的范圍，同時努力擴大按病種付費的病種數量并增加其對住院患者的覆蓋面。對于未納入按病種付費范圍的病種，探索按項目付費與按床日付費相結合的混合支付方式。
各級衛生行政部門要進一步強化對定點醫療機構服務行為的監管，特別是對鄉鎮衛生院和民營醫療機構的管理，使新農合的管理經辦與鄉鎮衛生院的醫療服務相分離。
發揮新農合在農村居民醫藥費用支付中的主導作用。將國家基本藥物全部納入新農合報銷藥物目錄，報銷比例明顯高于非基本藥物，引導基層使用基本藥物。
在已實施基本藥物零差率銷售及開展新農合門診統籌的地區，將鄉、村醫療衛生機構現有的掛號費、診查費、注射費（含靜脈輸液費，不含藥品費）以及藥事服務成本合并為一般診療費，不再單設藥事服務費。一般診療費的收費標準可在原來分項收費標準總和的基礎上適當調整。
各地合理確定新農合基金對一般診療費的支付標準，采用門診總額預付的方式，納入新農合門診統籌報銷范圍。要根據鄉、村醫療衛生機構的就診人次數、次均門診費用、診療和藥品費用水平等數據，科學測算，綜合各種因素后確定新農合支付標準，實施門診總額預付。
