經接近半年審計調查，2011年8月1日，國家審計署公布《黃河流域水污染防治與水資源保護專項資金審計調查結果》（下稱《結果》），該《結果》不僅肯定了黃河流域水污染防治和水資源保護的一些成效，同時也指出了一些問題。
據《結果》，審計署于2010年11月至2011年3月，對甘肅、寧夏、內蒙古、陜西、山西、河南、山東7省區（下稱“7個省區”）以及水利部黃河水利委員會（下稱“黃委”）2008年至2010年黃河流域水污染防治與水資源保護專項資金及相關工作情況進行了審計調查。
根據“十一五”期間由國家發改委、財政部等多部門出臺的《黃河中上游流域水污染防治規劃（2006~2010年）》（下稱《黃河規劃》），《結果》顯示，至2010年底，黃河中上游地區投入224億元用于《黃河規劃》實施，占規劃投資319.93億元的70.02%。
從上述資金的投向看，用于城鎮污水處理設施項目146.24億元，同時，7個省區在2008年至2010年還投入27.84億元用于淤地壩等水土保持重點工程建設。
《結果》稱，至2010年底，《黃河規劃》的528個項目中，有446個項目已完工，占84.47%；工業污染防治項目完工240個，占263個規劃項目的91.25%；重點區域污染防治項目完工9個，占12個規劃項目的75%。黃河主要支流渭河、汾河流域關停造紙、焦化企業271家，占規劃要求關停企業298家的90.94%。
《結果》表明，2008年至2010年，7個省區投入水土保持的資金持續增長，2009年比2008年增長10.53%，2010年比2009年增長40.95%；共修建淤地壩1800座，小型水利水保工程14251處，形成攔泥庫容3.8億噸，綜合治理水土流失面積11012.47平方公里，完成計劃治理面積10900平方公里的101.03%。
而2008年至2010年，《黃河規劃》中的18個干流國控斷面中，達標斷面數量由2008年的17個上升為2010年的18個，水質狀況3年均為優。
與此同時，《結果》也指出了一些問題。
據《結果》，7省區的一些城市，存在著代征單位欠征、欠繳水資源費的情況，而審計調查指出上述問題后，甘肅、寧夏、內蒙古、山西、山東等省區補征補繳水資源費、污水處理費和排污費4281.46萬元，納入預算管理資金1764.46萬元。
審計發現，截至2010年底，《黃河規劃》要求建設完工的253個城鎮污水處理設施建設項目中，仍有56個未完工，占規劃要求的22.13%；302.21萬噸/日污水處理能力未形成，占應形成702萬噸/日污水處理能力的43.05%。
審計抽查已建成并運行的96家污水處理廠中，甘肅蘭州雁兒灣污水處理廠、山西太原殷家堡污水處理廠、陜西寶雞鳳翔縣污水處理廠等10家污水處理廠存在超標排放的問題。
《結果》顯示，甘肅、寧夏、內蒙古、陜西、山西、河南6個省區的45項水土保持項目資金總缺口2.77億元，占規劃工程總投資5.04億元的54.96%，影響了水土流失治理任務的完成。
《結果》指出，甘肅、寧夏、內蒙古、陜西、山西、河南、山東7個省區的24個建設項目違規占用河道面積1.47萬畝，其中豐樂農莊、府谷縣河濱公園、大清河水上樂園工程等14個項目為旅游休閑設施。
而溫縣工業集聚區、焦作多爾克司奶牛養殖園、孟州市一普酒精有限公司、孟州市第一衛生紙廠等5個項目為企業和工業園區，保德縣堤防擴建、和榆平汾高速公路建設等5個項目為基礎建設設施。
審計署指出，這些項目開工建設前均未按要求進行防洪評估，也未取得相關河道主管部門的批準，部分建筑設施不符合行洪要求。
此外，審計調查還發現，黃河下游防洪工程建設中，有的標段存在違法轉分包行為，有的勘察（測）設計合同未公開招投標，有的企業違規借用其他企業資質投標。
