辦法規定，各地對出口企業出口貨物的函調發函工作，由主管稅務機關的退稅部門負責，對出口貨物供貨企業的函調復函工作由供貨企業所在地的縣以上稅務機關的稅源管理部門或相關部門負責。
辦法明確，退稅部門收到復函后，確認供貨企業存在下列情況之一的，不得辦理出口退稅，即供貨企業銷售該批貨物開出的增值稅專用發票為虛開發票；供貨企業銷售貨物屬自行生產的，其生產設備、工具不能生產該種貨物，或該企業不具備該批貨物產能的；供貨企業銷售該批非自產貨物的購進業務不真實；供貨企業銷售該批貨物為委托加工產品，其委托加工業務不真實；供貨企業被注銷或被認定為非正常戶后開出增值稅專用發票的；供貨企業實際銷售的貨物與增值稅專用發票所列貨物不一致的，或出口企業從供貨企業采購的貨物與其實際出口貨物不一致等情況。對已辦理出口退稅的，應將出口退稅款追回。按規定需要征稅的，應予征稅。需要立案查處的，退稅部門應及時按照有關規定，將有關資料移交稽查部門立案查處。
該辦法自2010年9月1日開始施行。
